由于明朝统治阶级内部的腐化，一部分在朝官吏、在野的地主士绅及其知识分子等指责朝政腐败，要求改革。但封建社会的顽固本性当然不允许这样的事情发生，于是乎，顾宪成、高攀龙等一批敢于直谏的官吏纷纷被贬回乡。但他们并未消极隐居，仍“志在世道”，以国家兴亡为重。万历三十二年（1604），由顾宪成、允成兄弟倡议，修复东林书院，偕同高攀龙、钱一本、薛敷教、史孟麟、于孔兼等聚众讲学，并把读书、讲学和关心国事紧密地联结在一起。“风声雨声读书声声声入耳家事国事天下事事事关心”这副对联，就是他们读书讲学而不忘国家安危的真实写照。以顾宪成、高攀龙为首，以东林书院为主体的东林学派，就在读书、讲学、救国的呼声中诞生了。
东林讲学之际，正值明末社会矛盾日趋激化之时。特别到明神宗统治后期，宦官弄权，边患频仍，名饷加派，人民负担沉重，政治日益腐败。以东林书院讲学为联系纽带并逐步发展形成以江南士大夫为核心的东林学派，他们既有鲜明的学术思想见解，又有积极的政治主张。要求廉正奉公，振兴吏治，开放言路，革除朝野积弊，反对权贵贪脏枉法，呼吁朝廷要惠商恤民等。这些针砭时政的主张要求得到当时社会的广泛同情与支持。同时，也遭到宦官集团的强烈忌嫉和反对。两者之间因政见分歧发展演变形成明末激烈的竞争局面。反对派将东林书院讲学及与之有关系或支持同情讲学的朝野人士笼统称之为“东林党”而加以无端攻击诋毁。这就是“东林党”的来历。到天启年间，东林党人与阉党集团之间因朝政争论相互攻击达到公开不可调和地步。天启后期，阉党魏忠贤窃权乱政，向全国颁示所谓《东林党人榜》，公开逮捕迫害大批东林党人士。高攀龙力抗权奸，不屈逮辱，投水自沉。同时，由政争迁怒于讲学，又矫旨毁全国各地书院，禁止讲学活动。天启六年（1626），东林书院被限期全部拆毁，讲学亦告中止。明崇祯帝朱由检即位后，惩处了魏忠贤为首的阉党集团。同时昭雪平反东林党人冤案。并下旨修复东林书院。不过，一些东林党人也只能在泉下稍许宽慰了。
